平潭综合实验区人民法院现有16个部门，包括内设机构10个，分别是：综合办公室、立案庭（诉讼服务中心）、刑事审判庭、民事审判庭（家事少年审判庭）、行政与生态环境审判庭（综合审判庭）、涉台案件审判庭、执行局、审判管理办公室、政治部（机关党委）、督察室；直属机构1个：司法警察大队；派出法庭5个：自由贸易区法庭和金井人民法庭、海坛人民法庭、君山人民法庭、苏平人民法庭。
