平潭法院始建于1952年8月，先后隶属闽侯专区、晋江专区、莆田专区中级人民法院管辖，1983年6月划归福州市中级人民法院管辖。辖区面积392.92平方公里，人口约40万，主要受理本辖区一审婚姻、借贷、合同纠纷等普通民商事案件、刑事案件、执行案件、涉台案件。2016年7月29日，平潭综合实验区人民法院挂牌成立，以区、县法院两套牌子一班人马的模式运行，二审案件由福建高院指定福州中院办理。2022年5月1日，平潭法院审判法庭新大楼搬迁启用，同月金井、君山、苏平人民法庭统一换牌，6月1日海坛人民法庭揭牌启用，再加上自由贸易区法庭，形成“一院五庭”总体布局。

平潭法院现有16个部门，包括内设机构10个，直属机构1个，自由贸易区法庭和金井、海坛、君山、苏平人民法庭等5个派出法庭。现有中央政法专项编制106名，实有在编干警97人，其中员额法官40名，其中男性24人，女性16人。院领导班子成员8人，其中2名是省院挂职的科技副院长。